有了數(shù)字參考管理工具，被埋葬的知識(shí)和被發(fā)現(xiàn)之間只有一個(gè)關(guān)鍵詞搜索的距離。

圖片來(lái)源：the project twins

Adam Rocker并未指望管理其數(shù)字參考圖書(shū)館的軟件能提出開(kāi)展研究的更好方法。不過(guò)，他的電子文件歸檔系統(tǒng)ReadCube會(huì)定期掃描圖書(shū)館，并推薦一些相關(guān)論文。這和一些音樂(lè)文件管理程序會(huì)強(qiáng)調(diào)所推薦的曲目頗為相似。Rocker說(shuō)，這一功能帶來(lái)了一些出乎意料的收獲。

Rocker是一名研究生，目前在加拿大渥太華大學(xué)學(xué)習(xí)醫(yī)學(xué)。他曾研究過(guò)斑馬魚(yú)的細(xì)菌感染。當(dāng)時(shí)，ReadCube推薦了一篇利用微流體誘捕斑馬魚(yú)的論文。這比他自己的方法要簡(jiǎn)單很多，但Rocker通常不會(huì)閱讀微流體領(lǐng)域的文獻(xiàn)。他說(shuō)，被提醒注意到這項(xiàng)研究“真的很有幫助”，盡管最終因太過(guò)寄希望于自己的項(xiàng)目而未采用這種替代方法。

正如Rocker所發(fā)現(xiàn)的，今天的文獻(xiàn)管理工具已經(jīng)超出簡(jiǎn)單的電子歸檔。如今，每個(gè)工具通過(guò)提供一系列不斷演進(jìn)的額外功能吸引著顧客，就像瑞士軍刀一樣。

日前，《自然》雜志聚焦了8種工具：Colwiz、EndNote、F1000Workspace、Mendeley、Papers、Read Cube、RefME和Zotero。它們均參與了文獻(xiàn)管理市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)，一些在簡(jiǎn)化瀏覽過(guò)程和建立文獻(xiàn)圖書(shū)館方面表現(xiàn)出色，而其他工具專(zhuān)注于創(chuàng)建文獻(xiàn)目錄，通過(guò)共享工作空間的使用協(xié)助合作，或者推薦論文。

“馴服”文件

每種工具的存在都是為了幫助研究人員“馴服”被下載得雜七雜八且分散的PDF。大多數(shù)科學(xué)家會(huì)涉及這個(gè)問(wèn)題：在他們從期刊網(wǎng)站——通常指定費(fèi)解的字母數(shù)字代碼為文件名——抓取到PDF并將其大量轉(zhuǎn)儲(chǔ)到任何方便的文件夾中時(shí)，隨著文件的多個(gè)拷貝遍布硬盤(pán)，混亂便會(huì)很快出現(xiàn)。

“在科學(xué)界，或者至少?gòu)奈业慕?jīng)驗(yàn)來(lái)說(shuō)，我們往往最終在桌面上會(huì)有這樣一個(gè)文件夾：它的里面充斥著3000個(gè)名字真的很詭異的PDF文檔。”西班牙巴塞羅那Bellvitge生物醫(yī)學(xué)研究所神經(jīng)學(xué)家Raúl Delgado-Morales表示。

文件管理工具通過(guò)為硬盤(pán)建立索引解決了這一困擾。通常，將一個(gè)PDF拖動(dòng)并放入應(yīng)用窗口的過(guò)程，會(huì)觸發(fā)軟件嘗試?yán)�用�?shù)字對(duì)象唯一標(biāo)識(shí)符（DOI）或標(biāo)題對(duì)其進(jìn)行辨認(rèn)，并且從在線(xiàn)服務(wù)器上檢索相關(guān)元數(shù)據(jù)，比如標(biāo)題、關(guān)鍵詞或作者名字。

研究人員還可指派軟件監(jiān)控存放文檔的特定文件夾。隨后，他們能通過(guò)簡(jiǎn)單地搜索作者名字、關(guān)鍵詞，或在一些情形下搜索自己的標(biāo)注尋找PDF。比如，Delgado-Morales利用Papers組織他的文獻(xiàn)圖書(shū)館解決了這一問(wèn)題。Papers是一款根據(jù)用戶(hù)選擇的任何方案自動(dòng)重新命名文檔的應(yīng)用程序。其他工具也提供類(lèi)似功能，除了RefME。RefME是一款網(wǎng)站和手機(jī)應(yīng)用程序，僅儲(chǔ)存參考資料列表而非PDF本身。

核心功能

大多數(shù)工具能幫助研究人員輸入來(lái)自多種在線(xiàn)資源的文獻(xiàn)。很多提供在應(yīng)用程序內(nèi)搜索諸如PubMed和谷歌學(xué)術(shù)等外部數(shù)據(jù)庫(kù)，以及能從期刊網(wǎng)站和其他網(wǎng)頁(yè)上抓取文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的瀏覽器插件。

美國(guó)弗吉尼亞州喬治梅森大學(xué)Zotero項(xiàng)目負(fù)責(zé)人Sean Takats介紹說(shuō)，成立于10年前的Zotero是一個(gè)免費(fèi)的開(kāi)源軟件項(xiàng)目，專(zhuān)門(mén)用于解決從網(wǎng)頁(yè)瀏覽器中提取信息的問(wèn)題。“這是Zotero的關(guān)鍵功能，并且是同其他文獻(xiàn)管理工具相比最強(qiáng)大的功能之一。”RefME則利用智能手機(jī)的相機(jī)掃描條形碼，提供不同尋常的參考文獻(xiàn)選項(xiàng)。

參考文獻(xiàn)管理軟件最著名的功能之一是在一篇研究論文中插入文內(nèi)引用，并以任何形式創(chuàng)建文獻(xiàn)目錄。被廣泛使用的商業(yè)軟件包EndNote提供這一功能已有數(shù)十年，但目前面臨著來(lái)自很多現(xiàn)代工具的競(jìng)爭(zhēng)。

很多工具能同常見(jiàn)的文字處理軟件交互，因此輸入一篇研究文章的用戶(hù)只須選擇他們想提及的論文然后點(diǎn)擊按鈕讓代碼插入文檔中，即可標(biāo)記文本內(nèi)引用。隨后，用戶(hù)能根據(jù)上千種期刊的風(fēng)格，從下拉清單中選中選項(xiàng)，創(chuàng)建文獻(xiàn)目錄和文內(nèi)引用。

大多數(shù)工具包括用于閱讀并為文章作注解的內(nèi)置PDF閱讀器——通常允許用戶(hù)搜索評(píng)論和注解，以及基于云端的在iPad和臺(tái)式電腦之間同步這些評(píng)論和PDF的能力。例如，在ReadCube中，PDF里的文中引用和作者名字能呈現(xiàn)為主動(dòng)超鏈，提供直接獲取被引用文章和發(fā)表目錄的途徑。當(dāng)在合作出版商的網(wǎng)站上查看并為PDF作注釋時(shí)，同樣的功能也是可用的。

在這些工具中，很多能辨認(rèn)同圖書(shū)館中特定條目相關(guān)的文章，或者基于圖書(shū)館整體內(nèi)容推薦文章。和ReadCube類(lèi)似，F(xiàn)1000Workspace利用一種算法完成此項(xiàng)功能。它還會(huì)利用約1000位專(zhuān)家所作的推薦。不過(guò)，很多單機(jī)軟件產(chǎn)品也能推薦論文。

共享圖書(shū)館

目前，很多工具允許研究人員設(shè)置群組圖書(shū)館，或同遠(yuǎn)程合作者共享重要論文，盡管這一過(guò)程被謹(jǐn)慎管理著，以防侵犯出版商的版權(quán)。比如，Mendeley公共群組中的人僅能共享關(guān)于一篇論文的信息，這相當(dāng)于圖書(shū)館目錄的一個(gè)入口。只有私人群組中的用戶(hù)能共享并修改PDF，而群組必須升級(jí)到一個(gè)付費(fèi)賬戶(hù)，才能添加超過(guò)3個(gè)人。

明尼蘇達(dá)大學(xué)組織心理學(xué)博士生Brenton Wiernik利用Zotero的共享圖書(shū)館完成涉及該領(lǐng)域中文獻(xiàn)系統(tǒng)性回顧和元分析的合作項(xiàng)目。他介紹說(shuō)，此類(lèi)工作可能牽涉到15～20人：一些人把文章下載到共享圖書(shū)館中；其他人閱讀它們；當(dāng)然，更多人負(fù)責(zé)添加注釋和標(biāo)簽，并且記錄關(guān)鍵數(shù)據(jù)。

根據(jù)Wiernik的介紹，這一過(guò)程和利用共享的云存儲(chǔ)文件夾類(lèi)似，而額外的好處是Zotero能追蹤并保存元數(shù)據(jù)、筆記和注釋。比如，研究人員可利用專(zhuān)用標(biāo)記指示他們正在處理一篇文章，以此告訴合作者應(yīng)當(dāng)處理不同文章，以避免重復(fù)工作。

F1000Workspace和colwiz均能將共享功能擴(kuò)展到準(zhǔn)備草稿和管理項(xiàng)目上。F1000Workspace公司產(chǎn)品研發(fā)經(jīng)理Joao Peres介紹說(shuō)，通過(guò)該工具，研究人員能利用插件將微軟Word草稿上傳到一個(gè)安全位置，從而使團(tuán)隊(duì)成員對(duì)共享的拷貝進(jìn)行評(píng)論，盡管文本無(wú)法在瀏覽器中被編輯。Peres計(jì)劃實(shí)行將論文直接從F1000Workspace發(fā)送給期刊編輯的“一鍵”文章提交功能，而這會(huì)從F1000Research期刊開(kāi)始。colwiz還允許用戶(hù)將文件共享到一個(gè)在線(xiàn)驅(qū)動(dòng)器，以供團(tuán)隊(duì)成員查看和評(píng)論。

考慮到這些工具高度重疊的功能，用戶(hù)的選擇通常歸結(jié)于特定的個(gè)人偏好。比如，加州桑迪亞國(guó)家實(shí)驗(yàn)室材料學(xué)家Richard Karnesky因開(kāi)源精神而支持Zotero。

或許，利用文獻(xiàn)管理工具的最好原因在于此項(xiàng)技術(shù)能提供一種可搜索記憶的形式。禮來(lái)公司資深研究科學(xué)家Boyd Steere表示，想象一張堆滿(mǎn)了打印出來(lái)的論文的桌子。而如今，充斥著PDF的電子文件夾在很多方面同樣不容易操控。不過(guò)，有了數(shù)字參考管理工具，被埋葬的知識(shí)和被發(fā)現(xiàn)之間只有一個(gè)關(guān)鍵詞搜索的距離。（宗華）

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